Textmate Bundle
  • Overzicht
  • Functies
  • Installatie

Voor mijn PhD aan de Universiteit Utrecht miste ik software waarmee ik op een eenvoudige manier uiteenlopende bewerkingen op moleculaire structuur bestanden (.pdb bestanden) kon uitvoeren.

Speciaal daarvoor heb ik deze plugin voor mijn favoriete teksteditor TextMate geschreven. De mogelijkheid om alledaagse bewerkingen zoals hernoemen en hernummeren van atomen en residuen, splitsen en samenvoegen van structuur elementen op zowel selecties als het hele bestand uit te voeren, maken deze plugin krachtiger dan menig script.

En het beste van alles; de plugin is voor iedereen gratis te downloaden

  • Split and Join: Splits multi-model pdb files in losse bestanden of splits complexen in hun losse ketens. Veel losse modellen? het omgekeerde kan ook.

  • Atomen: hernummeren, ATOM naar HETATM en terug, verwijder double occupancies.

  • Residuen: hernummeren, eventueel rekening houdend met verspringende nummering. 1 naar 3 letter notatie en terug.

  • Segmenten: hernoem chain ID en segid of wissel ze om.
  • De PDB database: Importeer structuur bestanden direct uit de PDB databank

  • De schoonmaak: strip het bestand van alles wat geen coördinaat is. Verwijder heteroatomen

  • Exporteer: de sequentie als FASTA of bereken direct het moleculair gewicht

  • Op kleur: kleurcodering brengt structuur in het bestand aan en helpt problemen snel te identificeren.

Installeren is een kwestie van de plugin dubbel klikken. De plugin wordt in de Textmate bundel map geplaatst en is klaar voor gebruik.

Maakt u gebruik van de "GetBundles" plugin?, de PDB bundel kan direct vanuit de online repository worden geïnstalleerd.

Heeft u vragen? De uitgebreide help functie in de plugin helpt u verder op weg